早在1998年，北京公交系统开始大规模重组，相关部门亦希望通过市场和社会两方面努力，解决困扰首都的拥堵问题。
当年，原来的公汽一公司、二公司和电车公司被拆分，重新组建了第一到第七客运分公司、电车客运分公司和保修一分公司、保修二分公司、保修三分公司等11个专业分公司。以八个客运分公司的旅游线路、专线和小公共线路为基础组建了巴士客运分公司。
1999年，北京巴士股份有限公司也正式成立。该公司由5家公司联合组成，北京公交总公司对其实行绝对控股。在2003年之前，该公司得益于公交总公司的大力支持和银行的贷款支持，发展迅猛，利润高涨。
对此，相关人士曾表示，北京市公共交通领域的改革取得了重大突破性进展，巴士公司为公交企业真正走向市场开了一个好头。
然而，由于扩张过速，2003年巴士公司开始出现亏损。公司的车辆维护和新车更换远远落后于发展的需要。
2006年6月30曰，北京巴士发布公告宣布公司拟将所拥有的城市客运业务资产及相关负债与集团公司所拥有的郊区客运业务、驾驶培训业务、旅游业务和汽车租赁业务的相关资产进行置换。北京巴士将不再经营城市客运业务，而仅仅保留郊区客运业务。
至此，北京公交彻底市场化改革宣告结束。
公交月票的改革，北京市政府则较为谨慎。2005年，曾传出北京将取消月票这一福利政策的做法，这引起了公众的议论。2005年11月，分管交通的北京市副市长吉林还对外宣称，“北京将不会取消月票，将推行IC卡，以取代现在的纸板月票�！�
然而，据公交部门统计，2003年每张月票的实际成本已达103.41元。仅月票一项，公交公司全年就亏损11.02亿元。
2006年，由于交通IC卡的推行，为统计月票使用频率提供了技术支持。经过一系列的调研及审慎考虑之后，北京市政府取消月票的决定才得以出台。
公交优先
1月7日，北京中观经济调查有限公司公布了其于1月4日至6日采用计算机辅助电话访问的方式进行的调查结果。
调查显示，83.3%的居民表示改革后其出行费用减少了，12.5%的居民出行费用没有变化，4.2%的居民出行费用增加了。
此外，约六成的居民认为本次公交改革将有效缓解交通拥堵。79.8%的受访居民表示本次公交改革使其出行更加方便，并表示将增加乘坐公交车出行的次数。
据了解，出于扶持“公交优先”政策的考虑，北京市将有一系列的举措。
2007年，北京市财政将加大对公交的投入，预计将安排49.76亿元支持公共交通事业发展，比上年增加13.04亿元。同时，改变对公交企业补贴的做法，转变为政府掏钱购买公交企业的服务，为民众提供充足良好的公共产品。
为了力促“公交优先”，北京市财政今年将安排116.7亿元支持优化公共交通及轨道交通投资。为使公共交通成为市民出行的主要方式，北京市政府还将继续投资1000余亿元用于交通环境、轨道交通、公共交通、路网建设、客运枢纽、停车系统以及交通管理等方面的改善。
在票价打折效应下，截至1月8日上午，北京市公交IC卡销售量已达692.5万张，较1月1日多出了近70万张。
“公交优先，肯定是一件好事�！北本┦忻裥±钏�，但这是为了应付2008年奥运会的政绩工程，还是一项长期的惠民政策，还需要长期观察�！叭绻�，交通IC卡也像银行卡一样，在吸引用户时实行一系列优惠，而用户群形成后又变相加价涨价，这将与惠民政策背道而驰�！�(中国经济时报 庞皎明)
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